染色質(zhì)免疫沉淀的DNA適用于多種分析方法
點擊次數(shù):496 更新時間:2022-07-22
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是:在生理狀態(tài)下把細胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起,通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細胞固定,染色質(zhì)斷裂,染色質(zhì)免疫沉淀,交聯(lián)反應的逆轉(zhuǎn),DNA的純化,以及DNA的鑒定。因為ChIP實驗涉及的步驟多,結(jié)果的重復性較低,所以對ChIP實驗過程的每一步都應設計相應的對照,而且對結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗。
染色質(zhì)免疫沉淀的DNA適用于多種分析方法。如果目的蛋白的靶序列是已知的或需要驗證的,可采用狹縫雜交(Slotblot)的方法,把靶序列特異性探針與染色質(zhì)免疫沉淀的DNA雜交,來驗證目的蛋白與DNA靶序列的特異性結(jié)合。還可以根據(jù)靶序列設計引物,用半定量PCR的方法進行測定,或采用Real-timePCR方法進行定量分析。如果目的蛋白的靶序列是未知的或高通量的(high-throughput),可采用Southern雜交。但因為免疫沉淀的DNA量較少,所以在研究時通常要用PCR方法擴增DNA探針,再進行整個基因組掃描。還可以把沉淀的DNA克隆到載體中,進行測序,尋找該序列附近的開放閱讀框,發(fā)現(xiàn)新的基因調(diào)節(jié)序列。